DNK eritishini bashorat qilish dasturini taqqoslash - Comparison of DNA melting prediction software - Wikipedia

Bu DNK eritishini bashorat qilish dasturini taqqoslash manba kodi va DNKni bashorat qilish uchun veb-dasturiy ta'minotni o'z ichiga oladi eritish va tuzilishi.[1]

Dastur turlari, usullari, mavjudligi va boshqalar.

IsmHavolalarAjralib turadigan xususiyatlarUsulTilQator chegarasiAjralish
DNK eritishi[2]manba kodiStat mechMATLAB1 Mb[3]?
MeltSim 1.0[4]manba kodiGUI uchun WindowsStat mechPaskal Delphi2 Mb?
MeltSim 1.99[4]manba kodiCLIStat mechC?
Polsha serveriveb-serverStat mechF771 kbHa
Stitchprofiles.uio.noveb-serverStat mechPerl, gnuplot480 kbYo'q
uMeltveb-serverStat mechAdobe Flex3500 b?
WebSIDDveb-serverStat mechC ++10 kb?
OligoCalcveb-server
OligoAnalyzer 3.1veb-server

NN = Foydalanish usullari eng yaqin qo'shni termodinamik parametrlari bashorat qilish uchun oligonukleotid erish harorati (Tm), egri chiziqlar, DSC egri chiziqlari yoki olingan boshqa xususiyatlar ommaviy ta'sir qonuni.

Stat mech = Statistik mexanik uzoqroq DNK molekulalariga oraliq subtransitions bilan eritish jarayonlarini bashorat qilish uchun qo'llaniladigan usullar. bo'lim funktsiyalari bu qisman erigan DNK konfiguratsiyasini hisobga oladi.

Qo'llab-quvvatlanadigan kirish xususiyatlari

IsmNA turlariDiqqatTermodinamik
parametrlar
Boshqa kirish
Lin DNKcirc DNKRNKLNA[Na +][Mg ++]Strand conc.
DNK eritishiHaYo'qYo'qYo'q????
GeneFizzHaYo'qYo'qYo'qYo'qYo'qYo'qYo'qEMBL / Genbank fayli
MeltSimHaYo'qYo'qYo'qHaYo'qYo'qHa
Polsha serveriHaYo'qHaYo'qYo'qYo'qHaHanomuvofiqliklar
Stitchprofiles.uio.noHaYo'qYo'qYo'qHaYo'qYo'qHavorisliklar
uMeltHaYo'qYo'qYo'qHaHaYo'qHa
WebSIDDHaHaYo'qYo'qYo'qYo'qYo'qYo'qStress darajasi

Qo'llab-quvvatlanadigan chiqish xususiyatlari

IsmErish egri chiziqlariEhtimollik
funktsiyalari
Kontur chiziqlari
(eritma xaritasi)
Boshqa mahsulotlar
Θ (T)dΘ / dTbp50%Boshqa%
DNK eritishi??Ha??
GeneFizzYo'qYo'qHaYo'qYo'qCDS, gen, mRNA ni namoyish etadi
MeltSim?HaHaHaYo'q
Polsha serveri?HaHaHaYo'qjelning harakatchanligi
Stitchprofiles.uio.noHaYo'qHaHaHatikuv profillari, FF parametrlari
uMeltHaHaYo'qHaYo'qdinamik erituvchi profil
WebSIDDYo'qYo'qHaYo'qYo'qG (x), B-Z ehtimolliklari, # ochiq bp, # ochiq mintaqalar, minimal E

Adabiyotlar va eslatmalar

  1. ^ Eslatma: ushbu taqqoslash dasturiga kiritilmagan RNK tuzilishini bashorat qilish, tahlil qilish DNK mikroarray termodinamika, nuklein kislota dizayni (masalan, astar dizayn) va atomistik daraja DNKning simulyatsiyasi.
  2. ^ Michoel, T; Van de Peer, Y (2006). "Bir hil bo'lmagan DNKni eritish uchun helikoidal transfer matritsasi modeli" (PDF). Jismoniy sharh E. 73 (1 Pt 1): 011908. doi:10.1103 / PhysRevE.73.011908. PMID  16486186. S2CID  13395867.
  3. ^ > 1Mb ketma-ketliklar uchun oynani ochish usuli qo'llaniladi
  4. ^ a b Bleyk, RD; Bizzaro, JW; Bleyk, JD; Kun, GR; Delcourt, SG; Noulz, J; Marks, KA; SantaLucia, Jr (1999). "MELTSIM bilan polimer DNKning erishini statistik mexanik simulyatsiya qilish". Bioinformatika. 15 (5): 370–5. doi:10.1093 / bioinformatika / 15.5.370. PMID  10366657.

Tashqi havolalar