Glikozid gidrolaza oilasi 19 - Glycoside hydrolase family 19 - Wikipedia

Glikozil gidrolazalar oilasi 19
PDB 2baa EBI.jpg
hordeum vulgare l-dan endoxitinazning tozalangan kristalli tuzilishi. 1,8 angstrom rezolyutsiyasiga qadar urug'lar
Identifikatorlar
BelgilarGlyco_hydro_19
PfamPF00182
Pfam klanCL0037
InterProIPR000726
PROSITEPDOC00620
SCOP22baa / QOIDA / SUPFAM
AjoyibGH19
CDDcd00325

Molekulyar biologiyada Glikozid gidrolaza oilasi 19 a oila ning glikozid gidrolazalar.

Glikozid gidrolazalar EC 3.2.1. bu keng tarqalgan fermentlar guruhi gidroliz The glikozid birikmasi ikki yoki undan ortiq uglevodlar o'rtasida yoki uglevod bilan uglevod bo'lmagan qism o'rtasida. Glikozidli gidrolazalar uchun ketma-ketlik o'xshashligiga asoslangan tasniflash tizimi> 100 xil oilani aniqlashga olib keldi.[1][2][3] Ushbu tasnif mavjud Ajoyib veb-sayt,[4][5] va shuningdek, uglevod faol fermentlarining onlayn entsiklopediyasi bo'lgan CAZypedia-da muhokama qilingan.[6][7] y [_] 9

Glikozid gidrolaza oilasi 19 CAZY GH_19 faqat bitta ma'lum faoliyati bo'lgan fermentlarni o'z ichiga oladi; xitinaza (EC 3.2.1.14 ).

Xitinazlar[8] xitin polimerlarida beta-1,4-N-asetil-D-glyukozamin bog'lanishlari gidrolizini katalizlovchi fermentlardir. Xitinazalar 18 yoki 19 glikozidli gidrolaza oilalariga tegishli.[9] 19-oilaning xitinazalari (shuningdek, IA, I va IB yoki II sinflari deb ham ataladi) o'simliklardan fermentlar bo'lib, ular himoya qilishda ishlaydi. qo'ziqorin va hasharotlar patogenlar ularning tarkibidagi xitinni yo'q qilish orqali hujayra devori. IA / I va IB / II sinf fermentlari N-terminalli xitin bilan bog'lovchi domenning mavjudligi (IA / I) yoki yo'qligi (IB / II) bilan farq qiladi. Ushbu fermentlarning katalitik sohasi taxminan 220 dan 230 gacha aminokislota qoldiqlaridan iborat.

Faol sayt

Gikozid gidrolaza oilasining faol joyi 19 papayya xitinaza (PDB: 3kql​).[10] Konservalangan qoldiqlar Glu67 katalitik kislota atrofida ko'rsatilgan. -1 va +1 pastki saytlarida bog'langan GlcNAc2 birligi tor tayoqchada tasvirlangan va o'q glikozid kislorodning holatini bildiradi.

GH19 fermentlari saqlanib qolgan ketma-ketlik motifiga ega ([FHY] -GRG- [AP] -ζ-Q- [IL] - [ST] - [FHYW] - [HN] - [FY] - [NY], b = hidrofilik amino kislota) uning faol joyida.[11]

Adabiyotlar

  1. ^ Henrissat B, Callebaut I, Fabrega S, Lehn P, Mornon JP, Devies G (iyul 1995). "Konservalangan katalitik texnika va glikozil gidrolazalarning bir necha oilalari uchun umumiy katlamni bashorat qilish". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 92 (15): 7090–4. Bibcode:1995 yil PNAS ... 92.7090H. doi:10.1073 / pnas.92.15.7090. PMC  41477. PMID  7624375.
  2. ^ Devies G, Henrissat B (sentyabr 1995). "Glikozil gidrolazalarning tuzilmalari va mexanizmlari". Tuzilishi. 3 (9): 853–9. doi:10.1016 / S0969-2126 (01) 00220-9. PMID  8535779.
  3. ^ Henrissat B, Bayroch A (iyun 1996). "Glikozil gidrolazalarning ketma-ketlik asosida tasnifini yangilash". Biokimyoviy jurnal. 316 (Pt 2) (Pt 2): 695-6. doi:10.1042 / bj3160695. PMC  1217404. PMID  8687420.
  4. ^ "Uy". CAZy.org. Olingan 2018-03-06.
  5. ^ Lombard V, Golaconda Ramulu H, Drula E, Coutinho PM, Henrissat B (yanvar 2014). "2013 yilda uglevod faol fermentlar bazasi (CAZy)". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 42 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D490-5. doi:10.1093 / nar / gkt1178. PMC  3965031. PMID  24270786.
  6. ^ "Glikozidli gidrolaza oilasi 19". CAZypedia.org. Olingan 2018-03-06.
  7. ^ CAZypedia konsortsiumi (2018 yil dekabr). "O'n yillik CAZypedia: uglevod-faol fermentlarning tirik ensiklopediyasi" (PDF). Glikobiologiya. 28 (1): 3–8. doi:10.1093 / glycob / cwx089. PMID  29040563.
  8. ^ Flach J, Pilet PE, Jolles P (avgust 1992). "Xitinaz tadqiqotida qanday yangilik bor?". Experientia. 48 (8): 701–16. doi:10.1007 / BF02124285. PMID  1516675. S2CID  37362071.
  9. ^ Henrissat B (1991 yil dekabr). "Glikozil gidrolazalarning aminokislotalar ketma-ketligi o'xshashligi asosida tasnifi". Biokimyoviy jurnal. 280 (Pt 2) (2): 309-16. doi:10.1042 / bj2800309. PMC  1130547. PMID  1747104.
  10. ^ Eijsink V, Hoell I, Vaaje-Kolstada G (2010-01-01). "Xitin va xitozanga ta'sir qiluvchi fermentlarning tuzilishi va funktsiyasi". Biotexnologiya va genetik muhandislik sharhlari. 27 (1): 331–66. doi:10.1080/02648725.2010.10648156. PMID  21415904.
  11. ^ Udaya Prakash NA, Jayanthi M, Sabarinatan R, Kangueane P, Mathew L, Sekar K (may 2010). "GH19 oilaviy xitinazalaridagi evolyutsiya, homologiyani saqlash va noyob ketma-ketlik imzolarini aniqlash". Molekulyar evolyutsiya jurnali. 70 (5): 466–78. Bibcode:2010JMolE..70..466U. doi:10.1007 / s00239-010-9345-z. PMID  20480157. S2CID  2202745.
Ushbu maqola jamoat domenidagi matnlarni o'z ichiga oladi Pfam va InterPro: IPR000726