Nisbatan erishish mumkin bo'lgan sirt maydoni - Relative accessible surface area - Wikipedia

Nisbatan erishish mumkin bo'lgan sirt maydoni yoki nisbiy to'lov qobiliyati (RSA) oqsil qoldig'ining o'lchovidir qoldiq erituvchi ta'sir qilish. Uni quyidagi formula bilan hisoblash mumkin:

[1]

bu erda ASA hal qiluvchi mavjud bo'lgan sirt maydoni va MaksASA - bu mumkin bo'lgan maksimal hal qiluvchi mavjud bo'lgan sirt maydoni qoldiq uchun.[1] Ham ASA, ham MaxASA odatda o'lchanadi .

Faqatgina qoldiqning yon zanjirining nisbiy eruvchanligini o'lchash uchun odatda Gly-X-Gly tripeptidlaridan olingan MaxASA qiymatlari olinadi, bu erda X - bu qiziqish qoldig'i. MaxASA-ning bir nechta o'lchovlari nashr etildi[1][2][3]va odatda ishlatiladi (Jadvalga qarang).

QoldiqTien va boshq. 2013 (nazariya)[1]Tien va boshq. 2013 (emp.)[1]Miller va boshq. 1987 yil[2]Rose va boshq. 1985 yil[3]
Alanin129.0121.0113.0118.1
Arginin274.0265.0241.0256.0
Qushqo'nmas195.0187.0158.0165.5
Aspartat193.0187.0151.0158.7
Sistein167.0148.0140.0146.1
Glutamat223.0214.0183.0186.2
Glutamin225.0214.0189.0193.2
Glitsin104.097.085.088.1
Histidin224.0216.0194.0202.5
Izoletsin197.0195.0182.0181.0
Leytsin201.0191.0180.0193.1
Lizin236.0230.0211.0225.8
Metionin224.0203.0204.0203.4
Fenilalanin240.0228.0218.0222.8
Proline159.0154.0143.0146.8
Serin155.0143.0122.0129.8
Treonin172.0163.0146.0152.5
Triptofan285.0264.0259.0266.3
Tirozin263.0255.0229.0236.8
Valin174.0165.0160.0164.5

Ushbu jadvalda yaqinda nashr etilgan MaxASA qiymatlari (Tien va boshq. 2013 dan[1]) eski qadriyatlardan muntazam ravishda kattaroqdir (Miller va boshq. 1987 yildan.)[2] yoki Rose va boshq. 1985 yil[3]). Ushbu kelishmovchilik Gly-X-Gly tripeptidlari MaxASA ni hisoblash uchun baholanadigan konformatsiyadan kelib chiqishi mumkin. Oldingi ishlarda kengaytirilgan konformatsiya ishlatilgan, bilan orqa miya burchaklari ning va .[2][3] Biroq, Tien va boshq. 2013 yil[1] kengaytirilgan konformatsiyadagi tripeptidlar eng kam ta'sir qiladigan konformatsiyalar qatoriga kirishini namoyish etdi. Eng katta ASA qiymatlari alfa spirallarida doimiy ravishda kuzatiladi, ularning atrofida orqa miya burchaklari mavjud va . Tien va boshq. 2013 yilda o'zlarining nazariy MaxASA qiymatlaridan foydalanishni tavsiya etamiz (Jadvalning 2-ustuni), chunki ular barcha mumkin bo'lgan konformatsiyalarning muntazam ravishda sanab chiqilishidan olingan va ehtimol kuzatiladigan ASA bilan chegaraning yuqori chegarasini bildiradi.[1]

ASA va shuning uchun RSA qiymatlari odatda protein tuzilishidan, masalan DSSP dasturiy ta'minotidan hisoblanadi.[4] Shu bilan birga, RSA qiymatlarini ketma-ketlik ma'lumotlaridan mashinada o'qitish yondashuvlaridan foydalanib bashorat qilishga urinayotgan keng adabiyotlar mavjud.[5][6]


Bashorat qilish vositalari

RSA ni eksperimental ravishda bashorat qilish juda qimmat va ko'p vaqt talab qiladigan vazifadir. So'nggi o'n yilliklarda RSA prognozi uchun bir nechta hisoblash usullari joriy etildi.[7][8][9]

Adabiyotlar

  1. ^ a b v d e f g h Tien, M. Z .; Meyer, A. G.; Sidiqova, D. K .; Spilman, S. J .; Wilke, C. O. (2013). "Oqsillar tarkibidagi qoldiqlarning maksimal ruxsat etilgan erituvchi accessibilitlari". PLOS ONE. 8 (11): e80635. arXiv:1211.4251. Bibcode:2013PLoSO ... 880635T. doi:10.1371 / journal.pone.0080635. PMC  3836772. PMID  24278298.
  2. ^ a b v d Miller, S .; Janin, J .; Lesk, A. M.; Chothia, C. (1987). "Monomerik oqsillarning ichki qismi va yuzasi". J. Mol. Biol. 196 (3): 641–656. doi:10.1016/0022-2836(87)90038-6. PMID  3681970.
  3. ^ a b v d Rose, G. D .; Geselowits, A. R .; Lesser, G. J .; Li, R. X.; Zehfus, M. H. (1985). "Sharsimon oqsillarda aminokislota qoldiqlarining hidrofobligi". Ilm-fan. 229 (4716): 834–838. Bibcode:1985Sci ... 229..834R. doi:10.1126 / science.4023714. PMID  4023714.
  4. ^ Kabsch, V .; Sander, C. (1983). "Proteinning ikkilamchi tuzilishi lug'ati: vodorod bilan bog'langan va geometrik xususiyatlarning naqshini aniqlash". Biopolimerlar. 22 (12): 2577–2637. doi:10.1002 / bip.360221211. PMID  6667333.
  5. ^ Xyonso, Kim; Xesun, Park (2003). "Qo'llab-quvvatlovchi vektorli mashinalar va uzoq masofali o'zaro ta'sirlashuvchi 3D lokal identifikatori yordamida oqsillarni nisbiy erituvchiga kirish imkoniyatini bashorat qilish" (PDF). Olingan 10 aprel 2015.
  6. ^ Rost, Burxard; Sander, Kris (1994). "Proteinli oilalarda erituvchi moddalarni saqlab qolish va bashorat qilish". Oqsillar. 20 (3): 216–26. doi:10.1002 / prot.340200303. PMID  7892171. Olingan 10 aprel 2015.
  7. ^ Kaleel, Manaz; Torrisi, Mirko; Muni, Ketrin; Pollastri, Janluka (2019-09-01). "PaleAle 5.0: chuqur o'rganish orqali oqsilning nisbiy erituvchanligini prognoz qilish". Aminokislotalar. 51 (9): 1289–1296. doi:10.1007 / s00726-019-02767-6. hdl:10197/11324. ISSN  1438-2199. PMID  31388850.
  8. ^ Vang, Sheng; Li, Vey; Liu, Shivang; Xu, Jinbo (2016-07-08). "RaptorX-Xususiyat: oqsil tuzilishi xususiyatini taxmin qilish uchun veb-server". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 44 (W1): W430-W435. doi:10.1093 / nar / gkw306. ISSN  0305-1048. PMC  4987890. PMID  27112573.
  9. ^ Magnan, Kristof N.; Baldi, Per (2014-09-15). "SSpro / ACCpro 5: profillar, mashinani o'rganish va strukturaviy o'xshashlik yordamida oqsilning ikkilamchi tuzilishi va nisbiy hal qiluvchi mavjudligini deyarli mukammal bashorat qilish". Bioinformatika. 30 (18): 2592–2597. doi:10.1093 / bioinformatika / btu352. ISSN  1367-4803. PMC  4215083. PMID  24860169.