Systrip - Systrip

Systrip
Barqaror chiqish	2011 yil 1.0 / 27-may
Ombor	lola.labri.fr/ Systrip/1.0/fayllar/ lola_3_4_1_bilan_sriprip_1_0.tar.gz;
Operatsion tizim	Windows, Linux
Litsenziya	LGPL, GPL
Veb-sayt	lola.labri.fr/ TulipDrupal/? q = systrip

Systrip biologik tarmoqlar tarkibidagi vaqt qatorlarini tahlil qilish uchun vizual muhit.Sistrip bioinformatikani va grafik jihatdan nazariy algoritmlarni to'playdi, ular biologlarga vizual qazib olish jarayonida yordam berish uchun turli yo'llar bilan to'planishi mumkin. U turli xil haqiqiy biologik ma'lumotlarni tahlil qilish uchun ishlatilgan.^[1]

Taqdimot

Systrip ishlab chiqilgan C ++ va asoslanadi Lola, relyatsion ma'lumotlarni tahlil qilish va vizuallashtirishga bag'ishlangan axborot vizualizatsiya doirasi.

Tulipning Model-View-Controller arxitekturasi Systrip-ga bir nechta va sinxronlashtirilgan ko'rinishni qo'llab-quvvatlashga imkon beradi. Ko'rinishdagi har qanday o'zaro ta'sir (masalan, elementni tanlash) ushbu ma'lumotlarni aks ettiruvchi barcha ko'rinishlarni avtomatik ravishda yangilashni nazarda tutadi va Systrip uchun maxsus ishlab chiqilgan algoritmlar va ko'rinishlardan tashqari, Tulip plaginlari tizimi Systrip foydalanuvchilariga barcha mavjud plaginlardan foydalanishga ruxsat beradi. -inlar (Tulip relizlarida birlashtirilgan plaginlar, shuningdek Tulip plaginlari serveri orqali).

Xususiyatlari

Kiritish

SBML formatidan foydalangan holda metabolik tarmoqni import qilish va eksport qilish
CSV faylidan vaqt seriyali ma'lumotlar
CSV faylidan ma'lumotlarni import qilish
Seans holatini yuklash va saqlash

Tuzilishni manipulyatsiya qilish

Yo'llarni yaratish va olib tashlash
Elementlarni olib tashlash
Sub-tarmoqni yaratish va manipulyatsiya (foydalanuvchiga tarmoqning kichik qismiga e'tibor qaratishiga yordam bering)

Vizualizatsiya

Metabolik tarmoqlarning bir nechta turlari (3D, kuchga yo'naltirilgan, biologik konventsiyani saqlab qolish, ierarxik ...)
Vizual ta'sir o'tkazish vositalari (rasm, burmalar ...)
Vaqt seriyali ma'lumotlarning animatsiyasi
Metabolik tarmoq kontekstida vaqt qatorlarini vizualizatsiya qilish
Ma'lumotlarni tahlil qilish ko'rinishlari (gistogramma, elektron jadval, tarqalish sxemasi, parallel koordinatalar)
3D molekulyar vizualizatsiya

Tahlil

Lolalar grafigini tahlil qilish algoritmlari
- Darajasi
- Markaziylik o'rtasida
- Eksantriklik
- Strahler
Tarmoq tahlil algoritmlari
- Bo'g'ish nuqtalari
- Eng qisqa yo'l (metabolik tarmoqlarga bag'ishlangan)
- Miqyosni tanlash

Adabiyotlar

^ Kopeland, Jahon banki; Bartli, BA; Chandran, D; Galdzicki, M; Kim, KH; Sleight, SC; Maranas, CD; Sauro, HM (2012 yil may). "Metabolizm muhandisligi uchun hisoblash vositalari". Metabolik muhandislik. 14 (3): 270–80. doi:10.1016 / j.ymben.2012.03.001. PMC 3361690. PMID 22629572.

Tashqi havolalar

Systrip haqida umumiy ma'lumot
Vaqt seriyali ma'lumotlarning kontekstida
3D molekulyar geometriya
Biologik konvensiya saqlanadigan maket
Vaqt seriyali ma'lumotlarning vizualizatsiyasi va tahlili.

[PMC-3361690-1] Kopeland, Jahon banki; Bartli, BA; Chandran, D; Galdzicki, M; Kim, KH; Sleight, SC; Maranas, CD; Sauro, HM (2012 yil may). "Metabolizm muhandisligi uchun hisoblash vositalari". Metabolik muhandislik. 14 (3): 270–80. doi:10.1016 / j.ymben.2012.03.001. PMC 3361690. PMID 22629572.

[1]